Образователната версия на Майнкрафт вече позволява на учениците да конструират елементи през съответния брой протони, неутрони и електрони, да правят химически съединения и реакции.
С помощта на специална приставка, Code Connection, учениците могат да програмират и управляват специален герой – Агент, който изпълнява команди и следва алгоритми, описани от тях. Наученото в Скрач може да се използва по време на играта!